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nimnim's blog @統合牧場

おもにライフサイエンスデータベース統合TVのめも日記です。BioやScienceに興味がある小学生〜大人の方までどうぞご覧ください。 普段は細菌とたわむれています。(・▽・)。【分子細菌学/togotv/サイエンスデータベース】統合牧場から放牧中です。

ファイヤーブライト菌(火傷病菌)で病気を引き起こすポジディブレギュレーター

PとかAとかの果物に感染する病原菌のお話です。 今年読んだ一番すきな論文 The RNA-binding protein CsrA plays a central role in positively regulating virulence factors in Erwinia amylovora 2016年11月15日にパブリッシュされた新しい論文です。 幸運…

インパクトファクターの調べ方

インパクトファクターの調べ方です。 ① JCR-Web 4.5 Welcome を開きます。"Search for a specific journal"を選択し、"Submit"をクリック。 ②"view list of full journal"をクリック。 ③ジャーナルタイトル一覧表の中から、調べたい雑誌を見つけて、名前をコ…

140226 togotv curated仕分け作業ログ3

****************************** 追加項目 ・NBDC / DBCLS BioHackathon 2013 symposium Jun 23, 2013 Jun 23, 2013 ・Perl ・PC環境構築 ・QMB2013 ****************************** 未作業 ・…

140225 togotv curated仕分け作業ログ

保留・・新項目検討 済n何もなし・・仕分け終了 *************************** 2013-09-09 Human Brain Transcriptomeを使ってヒトの脳の発達に関する時空間トランスクリプトームを見る 済 2013-09-11 データベースの統合はなぜ必…

140220 仕分け作業メモ

2013-06-06 PDBのUnreleased Entriesから未発表のタンパク質構造情報を調べる 保留 NBDC / DBCLS BioHackathon 2013 was held in Tokyo, Japan. 2013-07-05 Jalviewを使って配列解析・系統樹作成をする 2013 2013-07-17 GeneSigDBを使って ある生命現象を特…

131001 MicrobeDB 調査中

食欲の秋ですね(*´ω`*) 柿、芋、もみじ・・ 現在、MicrobeDB調査中です。 ーーーーーー以下調査めもーーーーーー *検索例(トップページ) ・遺伝子から gene, MiGAP(DBCLSが提供する塩基配列解析サービス), Mapping, ・系統から Mapping, Strain, taxonom…

130927 MicrobeDBのつかいかた

調査中です。 ー以下調査メモー <使用データベース> Environment ・MEO 微生物の生息環境に関するメタデータを記述し整理するためのオントロジーであるMEO (Metagenome/Microbes Environmental Ontology)のOWLファイルと,公共のメタゲノムデータのメタデー…

130924 Microbe DB_調査中

Springer Exemplarをtogotv curatedにあげましたのでどうぞご活用ください。 Microbe DB調査中です。 ー以下メモー Microbe DB(微生物エンサイクロペティア) http://mdb.bio.titech.ac.jp/ ・説明 独立行政法人 科学技術振興機構のライフサイエンスデータ…

無料英文著者向けサービス「Springer Exemplarの使い方」の動画アップしました

o(・ω・o)Springer Exemplarの使い方o(・ω・o) 本家 http://togotv.dbcls.jp/20130920.html youtubeはこちらです。http://www.youtube.com/watch?v=YyOnE7TCz5I&feature=youtu.be Springer Exemplarは電子ジャーナル出版社シュプリンガー(Springer)社が運…

130723 Springer Exemplar筋書き修正

Springer Exemplarの筋書き決定。次回撮影と編集作業に入ります。 筋書き @@@@@修正@@@@@ ・Springer Exemplar説明 ・be expected ・inMeXes,be expected、前置詞、詳細はこちらのTVで ・inMeXes,Numerous attempts have been made to ・Springer Exemplar検…

Springer Exemplar 調査・筋書・検討

Springer Exemplarの調査 ー以下調査内容のメモです。ー 【メリット】 ・最近使用されているかや、分野別、国別、publication,publication typeでどのくらいの頻度で使用されているかをみて、クオリティーの高い英文を書くときに使用している。byいぬさん (i…

130607 Springer Exemplar;筋書き

以下筋書きです。撮影に入りはじめました。 【筋書き】 →導入・Springer exemplarは電子ジャーナル出版社シュプリンガー(Springer)社が運営する、無料の英語論文の著者向けサーピスです。ある単語が、学術文献の中でどのように使用されているのかシュプリン…

130524 springerexemplar

調査・筋書き作成中です。【筋書き】 →導入 ・Splinger exemplarは電子ジャーナル出版社シュプリンガー(Splinger)社が運営する、無料の英語論文の著者向けサーピスです。 ある単語が、学術文献の中でどのように使用されているのかシュプリンガーの1900誌のジ…

130521 Springer Exemplar調査中

Springer Exemplar の調査はじめました。 ー以下調査めもー springerexemplar About ・Exemplar searches over 1,900 journals and close to 4,000 books from Springer’s collection ・ all major subject areas including the life sciences, medicine, en…

130517 バイオの買物.comを使って生命科学製品を比較する 

バイオの買い物.comを使って生命科学製品の比較をする バイオの買物.comは、ライフサイエンス分野でよく使われる試薬などの製品情報を各メーカーから収集し、研究者が最も適した製品を簡単に確実に発見できることを目的としたサイトです。「製品を検索する」…

130412 とーごーtv整理終了。

togoTVの整理終わりました(*>ω<*)ゞ 見て呉れにおいて、 番組名と番組の説明文のみのカラムになったため、ヨウツベ動画が大きく表示されています!(。・o・。)ノ ごらんくださいヽ(*´□`*)ノ →TOGO TV:http://togotv.dbcls.jp/ja/ *残りのtogotvの整理分が少し…

130308 バイオの買物

調査と筋書作成中です。 <筋書き案> 1.カテゴリーをたどる →サイトの見方の説明(メーカーで絞り込むこともできる。但し複数のメーカーを組み合わすことはできない。) →まとめてカタログ →DNA RNA分子生物学 →PCR →PCR酵素 →PCR酵素名で分類 →AmpliTaq …

130305 抗体検索サイトBioBreaを使い倒す

”抗体検索サイトBioBreaを使い倒す”の動画を作成終了しました。 動画→ http://togotv.dbcls.jp/20130301.html BioBreaはPubMedともリンクしており、抗体を検索するとその抗体が使用された最新の論文も表示され、またある論文で使用された抗体の製品情報とリ…

130219 BioBrea

抗体検索サイトBioBrea調査終了、動画撮影中です。 [筋書き] biobrea →casp(カスパーゼ) →右側にpublication数、商品情報、 →ファセット検索 ・gene;CASP9 ・application:western blot →caspase-9 p35 Antibody (H-170) →製品詳細の見方 ・publicationで論文…

130212 BioBrea調査

抗体検索サイト、BioBrea調査中です。・BioBrea調査 カーソルをのせると商品の情報がわりと詳細に表示。 また検索結果にPublications数も表示される。(検索結果はPublicationsの多い順) 検索結果画面:company ロゴ,recommend ☆抗体の詳細画面(Product De…

130208 [文献検索][ポータル] CiNiiを使って日本語論文を検索する

こんにちは。 「CiNiiを使って日本語論文のを検索する」 (CiNiiの検索方法紹介動画)アップしました!@牧場 動画→ http://togotv.dbcls.jp/20130208.html CiNiiとは、国立情報学研究所が提供する検索サイトで、日本語の論文や図書・雑誌などの学術情報を検…

120205 CiNiiを使い倒す

CiNIiiを使い倒すの動画、編集終了致しました。 次回、up予定です。 節分の豆は年の2倍程食べました。

130122 CiNii調査

明けましておめでとうございます。 現在”CiNii を使い倒す”の動画作成をしてます! 「CiNiiを使い倒す」の筋書きが概ね完成したので、動画撮影・編集作業に入りたいと思います。 何かCiNiiの使い方に関してご要望がございましたら、コメントください。 CiNii…

121221 Reactome 調査終了

Reactomhttp://www.reactome.org/ReactomeGWT/entrypoint.html <調査結果> データベースのホームページのデザインは多少変わっていましたが、インターフェイス自体は大幅に変更されていなかったので、改めて動画を作成するのは見合わせました。 以前作成さ…

121129 Integbioデータベースカタログ

Integbioデータベースカタログの動画作成が終了しました。 ※今回の動画作成は紹介動画Sagace、生命科学系データベースカタログ、WINGproの筋書きを参考にして作成しました。 ☆彡Integbioデータベースカタログのオススメは・・・ Integbioデータベースカタロ…

121116 integbio

integbioカタログ編集中です。 メモ・稼働状況別(2min45sec)・・・考え中。。・休止(14日以上かどうかは不明)と運用の差を明確に説明。・東京大学をキーワード検索(東京大学が運用機関となっているものでないものも引っかかることもありうるから)・先…

121107 integbio

ひと通りintegbioカタログ動画の作成は終わりました。 本日はOさんがいらっしゃらなかったので、次回相談したいことのメモりました。 以下動画に入れるかどうかについて。 ・生物種ごとの振分け表示。(生物種を入力すればリスト化できるが、存在する生物種…

121101 integbioデータベースカタログ

integbioデータベースの動画作成中です。 *integbioデータベースについて 以下、あったら便利だなっと思いました機能を書留めました。 ・生物種ごとの振分け表示。(生物種を入力すればリスト化できるが、存在する生物種を表示して欲しい) ・リスト化され…

121019 integbioデータベースカタログ

・参考動画 生命科学系データベースカタログを使い倒す 2009 http://togotv.dbcls.jp/20090523.html#p01 WINGproを使ってバイオ分野の多様なデータベース http://togotv.dbcls.jp/20080110.html#p01 創薬・疾患のためのデータベース横断検索サービスSagaceを…

121023 integbioデータベースカタログ

(調査) Integbioデータベースカタログとは Integbioデータベースカタログでは文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による、生命科学系データベースの統合の一環として国内外の生命科学系データベースの所在情報と、データベースについての…