130924 Microbe DB_調査中
Springer Exemplarをtogotv curatedにあげましたのでどうぞご活用ください。
Microbe DB調査中です。
ー以下メモー
Microbe DB（微生物エンサイクロペティア）
・説明
独立行政法人 科学技術振興機構のライフサイエンスデータベース統合推進事業・統合化推進プログラムに採択されたプロジェクト「ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物ＤＢの統合」についてのページです。
Open Source Content Management System Ploneを使用。
・・・Zopeアプリケーションサーバ上に構築されたフリーかつオープンなコンテンツマネジメントシステム。
基本的にPloneは、ブログ、インターネットサイト、ウェブショップや組織内のWebサイトといったどのような用途にも利用可能。
さらに文書管理システムやグループウェアといった共有ツールとしても利用できる。
Ploneの強みは、その柔軟で適応性のあるワークフロー、非常に優れたセキュリティ、拡張性、高いユーザビリティと柔軟性である。
・例
Gene: psbA
Taxonomy(分類学): Streptococcus glycerinaceus (連鎖球菌)
Mapping（対応付け）: Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
Environment（環境）: hot spring （温泉）
SRS（small ruminant ruminal pH measurement system; SRS）: rumen （Rumen is the first chamber in the alimentary canal of ruminant animals.反芻動物の消化管の最初の室のこと。）
Strain（種）: Bifidobacterium （ビフィズス菌、グラム陰性偏析嫌気性桿菌）
Disease（病気）: Cholera (コレラ)
MiGap（Microbial Genome Annotation Pipeline: http://www.migap.org/ ）: GAF
※MiGap
・・・微生物ゲノム解析において定評あるデータベースと定評あるアルゴリズムを組み合わせたアノテーション実行パイプライン
MiGAPには，デフォルト解析の初級用のブロンズ（b-MiGAP），パラメーターを設定可能とする中級用シルバー（ｓ-MiGAP），さらにデータベースやアルゴリズムを付加することができる上級用のゴールド（g-MiGAP）の３つのレベルが用意してある。
MiGAPを利用するにはまず国立遺伝学研究所の「Webサービス利用アカウント」を取得する必要がある。
入手したアカウントとパスワードを使用してMiGAPにログインすることができる。
・リソース数
調査中。
・リファレンスに対するリソースのマッピング
調査中。
・help
under construction！
・sign inでできること
systemerror！
・類似DB
Bio Resouce World@NBRP http://resourcedb.nbrp.jp/top.jsp
GBIF http://uat.gbif.org/
Zipcodezoo.ocm http://zipcodezoo.com/Bacteria/S/Streptococcus_glycerinaceus/
MiGAP: http://www.migap.org/
※Bio Resouce World
・・・BioResourceWorldは生物実験材料(バイオリソース)の総合検索サイトです。ナショナルバイオリソースプロジェクト---情報中核機関が活動の一環として試作しているものです。
＜Microbedb説明参照サイト＞
http://events.biosciencedbc.jp/article/04
http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01181
