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nimnim's blog @統合牧場

おもにライフサイエンスデータベース統合TVのめも日記です。BioやScienceに興味がある小学生〜大人の方までどうぞご覧ください。 普段は細菌とたわむれています。(・▽・)。【分子細菌学/togotv/サイエンスデータベース】統合牧場から放牧中です。

130924 Microbe DB_調査中

Springer Exemplarをtogotv curatedにあげましたのでどうぞご活用ください。

Microbe DB調査中です。

 

 

 

ー以下メモー

Microbe DB(微生物エンサイクロペティア)

http://mdb.bio.titech.ac.jp/

・説明

独立行政法人 科学技術振興機構のライフサイエンスデータベース統合推進事業・統合化推進プログラムに採択されたプロジェクト「ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合」についてのページです。

Open Source Content Management System Ploneを使用。

 

Plone

・・・Zopeアプリケーションサーバ上に構築されたフリーかつオープンなコンテンツマネジメントシステム。

基本的にPloneは、ブログ、インターネットサイト、ウェブショップや組織内のWebサイトといったどのような用途にも利用可能。

さらに文書管理システムやグループウェアといった共有ツールとしても利用できる。

Ploneの強みは、その柔軟で適応性のあるワークフロー、非常に優れたセキュリティ、拡張性、高いユーザビリティと柔軟性である。

 

・例

Gene: psbA

Taxonomy(分類学): Streptococcus glycerinaceus (連鎖球菌)

Mapping(対応付け): Escherichia coli O157:H7 str. Sakai

Environment(環境): hot spring (温泉)

SRS(small ruminant ruminal pH measurement system; SRS): rumen (Rumen is the first chamber in the alimentary canal of ruminant animals.反芻動物の消化管の最初の室のこと。)

Strain(種): Bifidobacterium (ビフィズス菌、グラム陰性偏析嫌気性桿菌)

Disease(病気): Cholera (コレラ)

MiGap(Microbial Genome Annotation Pipeline: http://www.migap.org/ ): GAF

 

※MiGap

・・・微生物ゲノム解析において定評あるデータベースと定評あるアルゴリズムを組み合わせたアノテーション実行パイプライン

MiGAPには,デフォルト解析の初級用のブロンズ(b-MiGAP),パラメーターを設定可能とする中級用シルバー(s-MiGAP),さらにデータベースやアルゴリズムを付加することができる上級用のゴールド(g-MiGAP)の3つのレベルが用意してある。

MiGAPを利用するにはまず国立遺伝学研究所の「Webサービス利用アカウント」を取得する必要がある。

入手したアカウントとパスワードを使用してMiGAPにログインすることができる。

 

・リソース数

調査中。

・リファレンスに対するリソースのマッピング

調査中。

・help

under construction!

 

・sign inでできること

systemerror!

 

・類似DB 

Bio Resouce World@NBRP http://resourcedb.nbrp.jp/top.jsp

GBIF http://uat.gbif.org/

Zipcodezoo.ocm http://zipcodezoo.com/Bacteria/S/Streptococcus_glycerinaceus/

MiGAP:  http://www.migap.org/ 

 

※Bio Resouce World

・・・BioResourceWorldは生物実験材料(バイオリソース)の総合検索サイトです。ナショナルバイオリソースプロジェクト---情報中核機関が活動の一環として試作しているものです。

 

<Microbedb説明参照サイト>

http://events.biosciencedbc.jp/article/04

http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01181

 

 

無料英文著者向けサービス「Springer Exemplarの使い方」の動画アップしました

o(・ω・o)Springer Exemplarの使い方o(・ω・o)

本家 http://togotv.dbcls.jp/20130920.html

youtubeはこちらです。http://www.youtube.com/watch?v=YyOnE7TCz5I&feature=youtu.be

Springer Exemplarは電子ジャーナル出版社シュプリンガー(Springer)社が運営する無料の英文論文の著者向けサービスです。

学術論文中の特定の単語やフレーズが、どのような文脈・用法で使用されているのかをシュプリンガーの1900誌以上のジャーナルから検索することができます。

出版年、ジャーナル、国、分野別などで検索フレーズの絞り込みができ、それらのトレンドも知ることができます。分野は医学を始め、ライフサイエンス、工学、数学、ビジネス、法学など多岐にわたり、対象論文は全て査読済みです。

Springer Exemplarは単語や短いフレーズの検索には不向きですが、長いフレーズ、特に5、6ワード以上の検索に真価を発揮します。英語の単語や短いフレーズの検索には、文献中の英語表現を検索するサービスinMeXesが有用です。

 

 英語表現を検索するサービスSplinger Exemplarは、検索フレーズの年、分野、国別などで絞込みができ、検索フレーズのトレンドもわかります。(´ω`*)

また検索対象の論文が全て査読済みになっています。(*・▽・*)

 

長いフレーズ(5,6 word以上)の検索では検索結果が多く、比較しやすいです。ヾ|*´・ω・|/

 

どうぞご活用ください。(^^*)

 

<長いフレーズ検索結果一例>

*springerの検索結果
can be expected to occur at :31
can be expected to occur at least :3

We have established a method for:23
We have established a method :58

is a major determinant of :3079
is a important determinant of :5536
is a prime determinant of :45
is a primary determinant of :353
is a dominant determinant of :18
is a cardinal determinant of :2
is a magistral determinant of :0
is a paramount determinant of :3
is a premier determinant of :0
is a principal determinant of :40

is a major determinant of the distribution of :5

is the only current method to diagnose :1

*inMexesの検索結果
can be expected to occur at :0
can be expected to occur :候補フレーズ2(しかしLSDでは検出されず)
can be expected to :ある程度検出される

*比較
year
subject
country

→年ごと、国別、分野別などで比較できる

 

<使い分け>

inMeXes

・・単語や短いフレーズ検索時に。(軽快に検索できる)

・・短いフレーズの前後関係(前置詞など)を調べたいときに。

Splinger Exemplar

・・長いフレーズ検索時に。(検索数が多い)

・・検索したいフレーズが最近使用されているかを調べるときに。

・・分野別、国別、publication、publication typeでどのくらいの頻度で使用されているかをみて、クオリティーの高い英文を書くときに。【トレンド】

(inMeXesでは用例はでるが、ひと目でそのフレーズがその分野で使用されているのか、英語圏で使用されているのかがわからない。)

 

 

130723 Springer Exemplar筋書き修正

Springer Exemplarの筋書き決定。次回撮影と編集作業に入ります。



筋書き

@@@@@修正@@@@@

・Springer Exemplar説明

・be expected

・inMeXes,be expected、前置詞、詳細はこちらのTVで

・inMeXes,Numerous attempts have been made to

・Springer Exemplar検索:Numerous attempts have been made to(328)

・適したツールですね!

・簡単にレビュー(オプション)

・私ライフサイエンス分野、ライフサイエンス選択

・オープンアクセス選択

・論文とぶ

・com+F、Numerous attempts have been made to

終了

 

・コメント

宣伝部分は最初に説明。

オプション機能は最後に説明。

 

 

ーーーーーー以下廃案ーーーーーーーーーーーーーーー

→文献中の英語表現を軽快に検索するサービスinMeXesがある。

→inMeXesで検索:Numerous attempts have been made to(フレーズ出現回数50)

→使用頻度を調べたい。(inMeXesでは面倒。)そうだ。Springer Exemplarを使ってみよう!

→スプリンガーの説明

→Springer Exemplar検索:Numerous attempts have been made to(328)

→最近の使用率、分野、国別、publication、pblication type、、、、

→結果:最近の使用頻度は悪くない。USAでもメジャーで使われているらしい。分野もマッチしてるしOK。論文でも使用頻度が高い。

→左側はファセット検索になっている。

*→USAを選択

*→この表現を使用しているUSAのグループがどのsubject、publicationに多く投稿しているかなどわかる。

→論文にカーソルを合わせるだけで、ジャーナルの表紙・タイトル・著者も確認。

*→Open Accessを指定すると無料で読める論文のみを抽出することも!

→ジャーナルへ飛ぶ。

→(注意)springer検索「be expected(to be)(as) 」 などの短い単語やフレーズは検索に時間がかかる。(この場合はinMeXesをおすすめする。)5・6字以上のフレーズ検索がお勧め。

*(inMeXesで”be expected”を検索→springerで検索)

Springer:専門分野の論文を執筆の際に、使用率を考慮してクオリティーの高い英語表現を使用するときにぜひご活用ください。

→Springerぜひご活用ください。

*入れるか検討*

 

Springer Exemplar 調査・筋書・検討

Springer Exemplarの調査

 

ー以下調査内容のメモです。ー

【メリット】

・最近使用されているかや、分野別、国別、publication,publication typeでどのくらいの頻度で使用されているかをみて、クオリティーの高い英文を書くときに使用している。byいぬさん

(inMeXesでは用例はでるが、ひと目でそのフレーズがその分野で使用されているのか、英語圏で使用されているのかがわからない。)

・論文がカーソルをあわせるだけですぐ確認できるところ。

 

【デメリット】

・単語:検索に時間がかかる

・フレーズ前後は見難い。(フレーズ前後の例はinMeXesの方が使いやすい。)

 

【使い方】

1.inMeXesでフレーズの用例を調べる

2.出てこない→MEDLINEセンテンスで論文を辿れるが、そのフレーズがメジャーで使われているのか、その使用頻度はわからない。

3.splinger で検索→最近の使用率、国別、分野別で使用頻度を確認。

4.他のフレーズを使ってみよう。このフレーズを使おう。

 

【例】

・Numerous attempts have been made to

・high-throughout sequencing

 

【参考】

・Native英語の文例・例文を参考に英語論文を作成するサイト:☆☆☆

http://www.geocities.jp/kusumotokeiji/eigo5.htm

・松尾ぐみの論文の書き方:英語論文

http://ymatsuo.com/japanese/ronbun_eng.html

 

[比較調査]

*springer

can be expected to occur at :31

can be expected to occur at least :3

We have established a method for:23

We have established a method :58

is a major determinant of :3079

is a important determinant of :5536

is a prime determinant of :45

is a primary determinant of :353

is a dominant determinant of :18

is a cardinal determinant of :2

is a magistral determinant of :0

is a paramount determinant of :3

is a premier determinant of :0

is a principal determinant of :40

→国別、分野別で比較できる

is a major determinant of the distribution of :5

is the only current method to diagnose :1

 

*inMexes

can be expected to occur at :0

can be expected to occur :候補フレーズ2(しかしLSDでは検出されず)

can be expected to :ある程度検出される

 

*比較

year

subject

country

*therefore,

springerは5~6字以上での使用を勧める(特に6字以上)

 

 

【筋書き】

→文献中の英語表現を軽快に検索するサービスinMeXesがある。

→inMeXesで検索:Numerous attempts have been made to(フレーズ出現回数50)

→使用頻度を調べたい。(inMeXesでは面倒。)そうだ。Springer Exemplarを使ってみよう!

→スプリンガーの説明

→Springer Exemplar検索:Numerous attempts have been made to(328)

→最近の使用率、分野、国別、publication、pblication type、、、、

→結果:最近の使用頻度は悪くない。USAでもメジャーで使われているらしい。分野もマッチしてるしOK。論文でも使用頻度が高い。

→左側はファセット検索になっている。筆頭著者がアメリカ人か調べたいときは、USAに指定。

→論文にカーソルを合わせるだけで、ジャーナルの表紙・タイトル・著者も確認。

(→論文がよみたくなったら、Open Accessに指定)*入れるか検討*

→ジャーナルへ飛ぶ。

→(注意)springer検索「be expected(to be)(as) 」 などの短い単語やフレーズは検索に時間がかかる。(この場合はinMeXesをおすすめする。)5・6字以上のフレーズ検索がお勧め。

Springer:専門分野の論文を執筆の際に、使用率を考慮してクオリティーの高い英語表現を使用するときにぜひご活用ください。

→Springerぜひご活用ください。

 

検討中

・・splingerの説明:最初?またはinMeXesの後?

・・ファセット検索の説明

130607 Springer Exemplar;筋書き

以下筋書きです。撮影に入りはじめました。

【筋書き】

→導入
・Springer exemplarは電子ジャーナル出版社シュプリンガー(Springer)社が運営する、無料の英語論文の著者向けサーピスです。
ある単語が、学術文献の中でどのように使用されているのかシュプリンガーの1900誌のジャーナルの中から見つけ出すことができます
分野はライフサイエンス、医学、工学、数学コンピューターサイエンスだけでなく、ビジネス、法学も検索対象です。また対象論文は全て査読済みです。

 

<1部:term>

→検索(どんな文脈でつかわれているのかな?)
・iPS
→見方
・用例が一覧で表示
→左項目、ファセットの説明☆
・出版年(年別に用語がどのくらい使用されていいるかがわかる。流行がわかる。)
・研究分野・対象
・国(国別の用語使用論文数も比較可能)
・ジャーナル(出版物)
・出版物タイプ
・出版社
・Open Access articles only/All Articles

→ファセット選択
subject:life sciences
country: US
Open Access articles onlyを選択

→用例にカーソルをあわせる
・ジャーナル名と表紙、論文のタイトル、著者が表示される
→用例をクリック
・論文表示

※追加
<2部:phrase>
→検索:be expected to be (as?)
※be associated, associatedはerror(???). associateは可能。
→Chemistry
→Open access をクリック
→論文
→com+F「検索phrase」
・分野での使われ方がわかる。使用されたフレーズの論文にとべるので、com+Fで「were reccognized(表示されていた語句) 」で検索し、前後の文も読むことができる。

→終わり
・ぜひご活用ください。

*注意点

遅い。とくに熟語になるとものすごく遅い。

ソートの順番分からない。(新しい順でもない)


※比較
・LSDB
1語・2語前後でソート
集計値
・inMeXes
候補検索
ある単語の前後にどういう語がくることが多いかわかる。
検索結果のリンク先(LSD英辞郎、ウィキなど)にすぐに飛べる。

☆一押しポイント
・単語使用の論文数の国別・出版別比較
・前後の文脈がどのように使用されているかがわかる

 

※参考

英語論文執筆メモ

http://apollon.issp.u-tokyo.ac.jp/~watanabe/tips/proof.html

論文のよくある間違い 英語英文添削センター

http://www.speedtensaku.com/category/1502733.html

130524 springerexemplar

調査・筋書き作成中です。
【筋書き】

→導入

・Splinger exemplarは電子ジャーナル出版社シュプリンガー(Splinger)社が運営する、無料の英語論文の著者向けサーピスです。

ある単語が、学術文献の中でどのように使用されているのかシュプリンガーの1900誌のジャーナルの中から見つけ出すことができます

分野はライフサイエンス、医学、工学、数学コンピューターサイエンスだけでなく、ビジネス、法学も検索対象です。また対象論文は全て査読済みです。

 

→検索(どんな文脈でつかわれているのかな?)

・p53,iPS,Muscular dystrophy, embryo・・

→見方

・用例が一覧で表示

→左項目、ファセットの説明☆

・出版年(年別に用語がどのくらい使用されていいるかがわかる。流行がわかる。)

・研究分野・対象

・国(国別の用語使用論文数も比較可能)

・ジャーナル(出版物)

・出版物タイプ

・出版社

・Open Access articles only/All Articles

 

→ファセット選択

subject:life sciences

country: US

Open Access articles onlyを選択

 

→用例にカーソルをあわせる

・ジャーナル名と表紙、論文のタイトル、著者が表示される

→用例をクリック

・論文表示

→終わり

・ぜひご活用ください。

 

☆一押しポイント

・単語使用の論文数の国別・出版別比較

・前後の文脈がどのように使用されているかがわかる

130521 Springer Exemplar調査中

Springer Exemplar の調査はじめました。

ー以下調査めもー

springerexemplar

About

・Exemplar searches over 1,900 journals and close to 4,000 books from Springer’s collection

・ all major subject areas including the life sciences, medicine, engineering, mathematics, computer science, business, and law, 

・Exemplar was created via a collaboration between Springer Science & Business Media and the Center for Biomedical and Health Linguistics. 

・For more information, to send feedback or propose future ideas, →exemplar@springer.com

・Authors 、Teachers、Editors and reviewers

 

About Springer

・the second-largest publisher of journals in the science, technology, and medicine (STM) sector 

・ the largest publisher of STM books.

・Springer is part of Springer Science+Business Media,one of the world’s leading suppliers of scientific and specialist literature. 

・publishes over 1,700 journals and more than 5,500 new books a year, 

・ has the largest STM eBook Collection worldwide. 

 

ファセット項目

・Subject

・country

・Publication

・publication type

・publisher

・open access articles only(☆無料のみ)/all articles

・該当する数が見られる(see all...)

・それぞれの項目中の該当する項目の数をと数字とグラフで表示

 

year published

・年グラフでそのtermやphraseの出現度合いを確認することができる

・その年をクリックすると、その年の論文のみが検索できる(ファセット式)

 

matching articles

・青時の単語にマウスをフォーカスすると、jornalの表紙と詳細(ジャーナル名、論文の題名、著者名)が表示される

・検索語句の前後の単語がわかる

 

splinger.com

splinger linik

 

【筋書き】

→導入

・Splinger exemplarは電子ジャーナル出版社シュプリンガー(Splinger)社が運営する、無料の英語論文の著者向けサーピスです。

ある単語が、学術文献の中でどのように使用されているのかシュプリンガーの1900誌のジャーナルの中から見つけ出すことができます

分野はライフサイエンス、医学、工学、数学コンピューターサイエンスだけでなく、ビジネス、法学も検索対象です。また対象論文は全て査読済みです。

→検索

・p53,iPS,Muscular dystrophy・・

→見方

→左項目、ファセットの説明

→途中・・